Шестой сезон «Тетради дружбы Нацумэ» возвращает нас в тихий городок, где граница между миром людей и духов становится всё более зыбкой. Таки Нацумэ, унаследовавший от бабушки Рэйко книгу с именами могущественных ёкаев, продолжает возвращать их владельцам. Но теперь он всё чаще сталкивается с последствиями своих поступков: освобождённые духи не всегда уходят в забвение, некоторые ищут его помощи или, наоборот, пытаются отомстить за давние обиды. В этом сезоне Нацумэ встречает загадочного ёкая, который утверждает, что знал его бабушку в детстве, и предлагает сделку — взамен на возвращение имени он раскроет тайну, которую Рэйко унесла с собой. Параллельно в жизни Таки появляется новый человек — странный художник, рисующий только пустые пейзажи, но способный видеть духов. Он предупреждает Нацумэ, что чрезмерное вмешательство в дела ёкаев может стереть грань между мирами навсегда, и тогда люди начнут замечать то, чего не должны.
В то время как Нацумэ пытается балансировать между школьными буднями и обязанностями хранителя тайн, его приёмные родители Тодзи и Шигеру начинают замечать странности в поведении сына. Дружба с Матаги и Сасакой крепнет, но даже они не могут полностью разделить его бремя. Особенно остро встаёт вопрос о природе самого Нацумэ: он не человек и не ёкай, но его сила растёт, привлекая опасных сущностей. В одной из арок сезона дух, запертый в старом зеркале, начинает влиять на сны жителей города, заставляя их переживать самые горькие моменты прошлого. Нацумэ предстоит понять, что не каждое имя из тетради нужно возвращать — некоторые духи держатся за свои узы из страха или любви, и разрыв этих связей может причинить боль обеим сторонам. Финал сезона подводит к неожиданному открытию: тетрадь Рэйко — не просто список долгов, а зашифрованное послание, адресованное лично внуку. И чем ближе Нацумэ к разгадке, тем яснее становится, что его бабушка не была бездушной охотницей за именами, а пыталась защитить его от того, что грядёт.