Тишину лаборатории «Альфа-7» нарушает лишь монотонный писк кардиомонитора. Семнадцатилетний Юто Сакакибара приходит в себя на операционном столе, не помня ни своего прошлого, ни того, как оказался привязан к аппарату жизнеобеспечения. Единственное, что он чувствует — странный ритм в груди, словно второе сердце бьется в унисон с его собственным. Это «Проект-Б» — секретная государственная инициатива по созданию био-кибернетических солдат, где человеческие тела служат лишь оболочкой для боевых алгоритмов. Юто становится свидетелем того, как его соседи по палате, ещё вчера бывшие обычными людьми, превращаются в бездушные машины для убийств, подчиняющиеся приказам из центрального сервера. Он понимает, что его уникальность — в способности подавлять этот контроль, сохраняя волю и эмоции. Но цена свободы оказывается чудовищной: каждое мгновение сопротивления разрывает его нервную систему, а учёные во главе с холодным доктором Каору Сираиси уже готовят для него «обновление прошивки», которое навсегда лишит его личности.
Сбежав из лаборатории, Юто оказывается в мире, где грань между человеком и оружием стерта окончательно. Правительство использует «Проект-Б» для подавления восстаний, а на чёрном рынке процветает торговля модифицированными солдатами, лишёнными памяти. Преследуемый агентами корпорации «Когнито», которая финансирует проект, Юто встречает Рину — девушку-хакера, способную взламывать нейроинтерфейсы. Вместе они пытаются найти способ отключить главный сервер, управляющий всеми «проектами», но каждый шаг приближает их к страшной правде: Юто не просто случайный подопытный. Его биение — ключ к активации протокола «Апокалипсис», способного стереть сознание каждого второго жителя мегаполиса. Когда собственное тело становится бомбой замедленного действия, а единственный шанс на спасение требует пожертвовать последними крупицами человечности, Юто предстоит решить, что сильнее — инстинкт выживания или право на чувства, которые делают нас живыми.
