Небо над архипелагом Аойтори расколото на четыре слоя, каждый из которых звучит на своей уникальной частоте. Люди здесь живут на нижнем ярусе, среди вечных сумерек, а верхние слои — заповедная зона, куда запрещено подниматься без специального резонатора. Синдзи, шестнадцатилетний механик с абсолютным слухом, чинит старые дирижабли и мечтает услышать легендарную «Мелодию Эфира» — звук, который, по слухам, соединяет все четыре неба в единую гармонию. Однажды он находит в обломках древнего корабля странный кристалл, который начинает вибрировать в ответ на его голос. В тот же день на город нападают «Глушители» — бесплотные твари, питающиеся тишиной, и единственный способ их остановить — сыграть на кристалле правильную ноту. Синдзи спасает девушку по имени Аой, которая оказывается последней из рода «Небесных певчих», способных управлять резонансом слоев. Она объясняет, что кристалл — это ключ к «Нулевому небу», мифическому пятому слою, где когда-то звучала идеальная тишина, но Глушители хотят уничтожить все звуки, чтобы добраться до него.
Синдзи и Аой собирают команду из отчаянных пилотов, контрабандистов и глухих музыкантов, чтобы прорваться через три запретных неба. Первый слой — «Алый ритм», где время течет в такт пульсу гигантского сердца, и любое неверное движение заставляет пространство схлопываться. Второй — «Ледяной канон», где звуки замерзают в воздухе кристаллами, и эхо может убить. Третий — «Грозовой аккорд», где молнии бьют в ответ на каждый диссонанс. На каждом уровне Синдзи учится слышать мир иначе: не как шум, а как сложную партитуру, где паузы важнее нот. Аой теряет голос после столкновения с Глушителями, и теперь только Синдзи может импровизировать, подстраиваясь под хаос. В финале они добираются до границы четвертого слоя — «Синего безмолвия», где нет звуков, только вибрации, и обнаруживают, что Глушители — это не монстры, а осколки древнего хора, который когда-то пел так громко, что разбил небо. Чтобы восстановить равновесие, Синдзи должен не играть, а замолчать — и позволить тишине стать последним ритмом, который соединит все слои воедино.
