Второй сезон «Чёрного клевера» начинается с того, что Аста и его отряд «Чёрные быки» возвращаются в Королевство Клевера после разрушительной битвы с воплощёнными эльфами. Казалось бы, победа одержана, но радость омрачена: Лихт, лидер эльфов, исчезает, а вместе с ним пропадает и таинственный демон, стоявший за воскрешением древнего народа. В столице царит хаос — магические ордена пытаются восстановить порядок, но в тени зреет новая угроза. Аста, потерявший способность использовать антимагию из-за истощения своего демона Либера, оказывается в уязвимом положении. Однако именно в этот момент он сталкивается с загадочным магом по имени Данте, который называет себя членом «Триады Тёмных» — группы могущественных колдунов, стремящихся захватить мир. Данте раскрывает, что демоны, с которыми сражались герои, были лишь пешками, а настоящая война только начинается. Асту и его друзьям предстоит отправиться в опасное путешествие в Страну Ведьм и на границу Королевства, чтобы найти способ пробудить истинную силу Чёрного Клевера и противостоять новому врагу, который угрожает не только их дому, но и всему континенту.
Параллельно с этим сюжет углубляется в прошлое Юно, который начинает осознавать свою связь с эльфами и древним королём. Он сталкивается с призраками своего наследия, когда таинственный меч, принадлежавший Лихту, начинает влиять на его разум. В то же время капитан «Чёрных быков» Ями Сукэхиро раскрывает часть своего загадочного происхождения, оказываясь выходцем из далёкой Страны Восходящего Солнца, что добавляет новые краски в мир магии. Второй сезон наполнен напряжёнными сражениями, где каждый персонаж вынужден преодолеть свои слабости: Нэлл учится контролировать свою ярость, а Финрал сталкивается с последствиями своих иллюзий. Кульминацией становится битва с Данте, в которой Аста, несмотря на потерю антимагии, находит новый источник силы — истинную связь с демоном Либером, что приводит к трансформации его гримуара. Финал сезона оставляет зрителя на грани: Триада Тёмных активирует древний ритуал, открывая врата в мир демонов, и герои понимают, что их ждёт ещё более масштабная война, где на кону стоит не только судьба королевства, но и само существование человечества.
