Лара Крофт, наследница древнего рода, с детства слышала от отца легенды о «Ключе Атлантов» — артефакте, способном переписать реальность. После его загадочной гибели в руинах храма на острове Яматай она нашла дневник, где были не только любовь к ней, но и странные символы, совпадающие с её собственными кошмарами. Теперь, спустя годы тренировок и первых грабительских вылазок, Лара возвращается в Японию. Её цель — не просто сокровище, а ответ на вопрос: почему отец скрывал от неё существование параллельного мира, где время течёт вспять, а души мёртвых можно вернуть ценой живых. В подземных лабиринтах под храмом Фудзи она сталкивается с кланом «Теней прошлого» — культом, который веками охраняет Ключ, используя технологии, опережающие человечество на тысячу лет. Их лидер, бессмертный монах Кендзи, утверждает, что отец Лары сам был хранителем, но предал орден, пытаясь воскресить её мать. Лара вынуждена объединиться с молодым археологом-диссидентом Рё, который ненавидит культ, но боится, что Ключ уничтожит грань между мирами. Вместе они проходят через ловушки, где гравитация меняется каждые десять секунд, и залы, стены которых состоят из застывшей лавы с вкраплениями человеческих костей.
В финальной битве на вершине вулкана Лара понимает: Ключ — не механизм, а её собственная кровь, активирующаяся только в момент истинного выбора. Кендзи предлагает ей воскресить отца, но ценой уничтожения Токио, где живут миллионы. Лара отказывается, разбивая алтарь, но в этот момент из разлома вырывается сущность её матери — искажённая, злая копия, которую культ держал в заточении десятилетиями. Мать пытается завладеть телом Лары, чтобы завершить ритуал. В отчаянной схватке на краю кратера Лара вспоминает последние слова отца: «Ты не должна стать тем, что мы пытались похоронить». Она прыгает в магму вместе с призраком, разрывая связь между мирами. Рё вытаскивает её обожжённую, но живую. Последняя сцена: Лара стоит на руинах храма, сжимая в руке осколок Ключа, который теперь светится тусклым синим светом. Она понимает, что отец не лгал — он просто пытался защитить её от правды, которая тяжелее любой гробницы. Теперь, когда древние тайны стали её проклятием, Лара решает не искать покоя, а уничтожить все артефакты, способные нарушить равновесие. Но в финальном кадре камера показывает, что осколок в её руке начинает пульсировать в ритме чужого сердца, а на заднем плане из тумана выходят силуэты, похожие на тех, кого она уже похоронила.
