Второй сезон «Списка нечисти» начинается ровно с того момента, где закончился первый. Рин Окумура, наконец, смирился со своей природой сына Сатаны, но это принятие не принесло ему покоя. Он продолжает обучение в Академии Крестового Креста, но теперь каждый его шаг отслеживается не только Ватиканом, но и демоническими кланами, которые видят в нем пешку в грядущей войне. Юкио, его брат-близнец, все глубже погружается в пучину собственных страхов и амбиций. Его идеальное владение мечом и хладнокровие дают трещину: он начинает использовать запретные техники, пытаясь превзойти Рина и доказать, что именно он достоин быть сильнейшим экзорцистом. Тайный орден иллюминатов, возглавляемый загадочным Люцифером, переходит к активным действиям. Они больше не прячутся, а открыто провоцируют хаос, стягивая к Академии могущественных демонов из Геенны. Главной угрозой становится не просто вторжение, а план по расколу мира живых и мертвых, который может уничтожить грань реальности.
Параллельно с битвами на передовой, сюжет углубляется в прошлое отца Фудзимото и истинную причину, по которой он запечатал меч Рина. Выясняется, что Сатана не просто хочет заполучить сына — ему нужен идеальный сосуд для своего полного воплощения, и Рин с его подавленной демонической силой — идеальный кандидат. Юкио, терзаемый комплексом неполноценности и жаждой признания, заключает опасный союз с иллюминатами, веря, что только так сможет защитить брата от самого себя. Это предательство раскалывает группу экзорцистов: Сиэми, Бон и остальные вынуждены выбирать, кому верить, когда два брата оказываются по разные стороны баррикад. Финальная арка сезона разворачивается в руинах древнего храма, где Рин сталкивается с аватаром Сатаны. Ему приходится принять свою демоническую сущность на сто процентов, рискуя навсегда потерять человечность, чтобы вырвать Юкио из лап иллюминатов и остановить ритуал, который должен был навсегда изменить баланс сил между мирами.
