Второй сезон «Классикалоида» начинается ровно с того места, где закончился первый: Маширо, наконец, обрела голос и способность петь, но её новая сила оказывается нестабильной. Вместе с Каной и Сосю они пытаются привыкнуть к мирной жизни, но тишина длится недолго. В городе начинают происходить странные аномалии — музыкальные инструменты оживают сами по себе, а классические произведения звучат из ниоткуда, разрушая здания. Выясняется, что это последствия пробуждения «Второго ключа» — древнего артефакта, который должен был уравновесить силу Маширо, но вместо этого создал разлом между миром людей и миром музыки. Теперь в реальность просачиваются «Мюзеты» — искажённые сущности, состоящие из нот и тактов, которые питаются человеческими эмоциями. Чтобы закрыть разлом, Маширо нужно найти семь потерянных партитур, каждая из которых хранит часть мелодии равновесия. Но проблема в том, что эти партитуры находятся в руках бывших композиторов, которые когда-то пытались использовать «Классикалоид» в корыстных целях и теперь заперты в своих собственных музыкальных мирах.
Параллельно с этим Кана сталкивается с тенью своего прошлого — её бывший наставник, гениальный дирижёр, который исчез много лет назад, оказывается тем, кто создал «Второй ключ». Он не считает Маширо идеальным воплощением музыки и хочет заменить её на более совершенный «Абсолютный инструмент», способный переписать реальность. Сосю, разрываясь между чувствами к Маширо и долгом защитника, вынужден принять тяжёлое решение: чтобы спасти мир, ему придётся временно заблокировать её голос, лишив её самого дорогого. Но Маширо отказывается молчать и в одиночку отправляется в мир «Мюзетов», где время течёт иначе, а каждый звук может стать оружием. В финале сезона выясняется, что истинная сила «Классикалоида» не в идеальном исполнении, а в умении принимать несовершенство — фальшивые ноты, сбившийся ритм и человеческие ошибки. Маширо удаётся не закрыть разлом, а превратить его в мост, позволяя музыке течь свободно между мирами. Но цена этого — её собственное исчезновение: она становится частью той самой мелодии равновесия, оставляя Кане и Сосю лишь эхо своего голоса и обещание, что однажды они услышат её снова.
