Война с Амато закончилась, но Эдо не спешит становиться утопией. Гинтоки Саката, по-прежнему погрязший в долгах и пристрастии к сладкому, вместе с Синпачи и Кагурой берётся за самые странные заказы, которые только может предложить Ёродзуя. Однако идиллию нарушает череда загадочных инцидентов: по ночам в городе появляются призрачные самураи, а на улицах начинают пропадать люди, оставляя после себя лишь лепестки сакуры. Расследование приводит Гинтоки к старому знакомому — таинственному торговцу, который предлагает сделку, способную изменить прошлое. Цена вопроса — воспоминания, и чем глубже Гинтоки копает, тем яснее понимает: кто-то методично стирает историю Эдо, заменяя её фальшивкой. В дело вмешиваются Синсэнгуми, Харусамэ и даже бывшие враги, но истинный враг оказывается куда страшнее — он прячется не в тени, а в головах самих жителей города.
Параллельно разворачивается личная драма: Кагура начинает видеть сны о своём отце, Умибодзу, который якобы погиб в космосе, но эти видения слишком реальны. Синпачи, в свою очередь, сталкивается с двойником своего учителя, который утверждает, что тот жив и скрывается в запретной зоне. Гинтоки, разрываясь между долгом и желанием защитить близких, вынужден принять тяжёлое решение — пожертвовать собственными воспоминаниями, чтобы спасти будущее. Финал раскрывает, что за всем стоит не злодей, а отчаявшийся учёный, пытающийся воскресить погибшую дочь через манипуляции с реальностью. Гинтоки, вместо того чтобы уничтожить его, предлагает альтернативу — создать новую память, где ошибки прошлого становятся уроками, а не проклятием. Эдо остаётся стоять, но теперь каждый его житель помнит: даже в мире, где правят хаос и абсурд, настоящая сила — в умении прощать и двигаться дальше, не забывая, кто ты есть на самом деле.
