Сёгунат пал, эпоха самураев канула в лету, но долги, накопленные за годы хаоса, требуют немедленной оплаты. Кагура, чей клан Ято веками сеял разрушение, получает ультиматум от уцелевших старейшин: либо она добровольно возвращается на родную планету, чтобы предстать перед судом за преступления своего отца, либо Эдо, отстроенный заново после вторжения, будет стерт с лица земли вместе со всеми её жителями. Гинтоки, понимая, что за красивыми словами о справедливости стоит лишь жажда крови и желание использовать Кагуру как оружие, отказывается выдавать её. Однако на этот раз даже Ёродзуя бессильна: против них ополчаются не только наёмники, но и бывшие союзники, считающие, что жизнь одного человека не стоит мира. Кагура, разрываемая между долгом перед семьёй и любовью к друзьям, принимает решение сбежать, оставив Гинтоки и Синпати лишь прощальную записку.
В отчаянной попытке вернуть её, Гинтоки и Синпати сколачивают временный альянс с самыми неожиданными фигурами — от бывшего главы Синсэнгуми до беглого сёгуна, скрывающегося в подполье. Погоня приводит их на нейтральную территорию, где правят бал космические пираты и торговцы оружием, а старые раны, такие как предательство Сёё-сэнсэя и гибель Шоё, вскрываются с новой силой. Гинтоки, наконец, перестаёт убегать от прошлого и признаёт, что его вечный цинизм был лишь маской, скрывающей страх потерять тех, кто стал ему настоящей семьёй. В финальной битве, где сталкиваются не только мечи, но и идеологии, Кагура делает свой выбор: она не жертва и не оружие, а человек, имеющий право на будущее. Эдо выживает, но плата за это — окончательное прощание с иллюзиями о том, что можно защитить всех, никого не потеряв.
