Земля превратилась в выжженную пустошь. Человечество, проигравшее битву с Годзиллой Земля, бежало в космос на ковчеге «Аратрам». Двадцать лет скитаний в поисках нового дома не принесли результата. Единственная надежда — вернуться и отвоевать планету, используя технологию нано-металла и союз с цивилизацией хутхуа, создавшей оружие против Годзиллы. Но когда корабли приземляются, выясняется страшная правда: Годзилла не просто чудовище, а биологическое оружие, ставшее единым целым с планетой. Он превратил Землю в гигантский механизм, а его тело покрыто бронёй из нано-металла, который он научился контролировать. Люди оказываются в ловушке между двумя силами: Годзиллой, который воспринимает их как вирус, и хутхуа, которые преследуют свои тёмные цели.
Главный герой Харуо Сакаки, одержимый местью за гибель отца, понимает, что просто убить монстра недостаточно. Вместе с учёным Метфисом и пилотом Юко он проникает в тело Годзиллы, чтобы уничтожить его изнутри. Но внутри их ждёт не просто плоть и кровь, а целая экосистема, где правят симбиотические формы жизни. Харуо сталкивается с призраками прошлого и осознаёт, что Годзилла — это не зверь, а механизм возмездия самой планеты. Финальная битва разворачивается на грани реальности и иллюзии, где человеческая воля сталкивается с абсолютной силой природы. Цена победы оказывается чудовищной: чтобы остановить Пожирателя звёзд, Харуо приходится пожертвовать всем, что делает его человеком, слившись с сознанием монстра в вечной петле времени. Это история не о спасении мира, а о принятии того, что некоторые раны невозможно исцелить — их можно только пережить снова и снова.