Бэтмен преследует своего заклятого врага Джокера через портал, созданный сумасшедшим изобретателем Гориллой Гроддом. Вместе с ними в пространственно-временную воронку затягивает Харли Квинн, Ядовитого Плюща, Двуликого, Пингвина и Робина. Очнувшись, Темный рыцарь обнаруживает, что перенесся не просто в другое измерение, а в феодальную Японию эпохи Сэнгоку. Готэмские злодеи, лишившись привычных технологий, быстро адаптируются к новому миру, захватывая власть. Джокер, объединившись с ниндзя и дайме, свергает местного сёгуна и провозглашает себя новым правителем, превращая страну в кровавый хаос. Бэтмен, лишенный своего арсенала и Бэтмобиля, вынужден учиться искусству ниндзюцу у местного клана воинов. Он получает новый костюм, напоминающий доспехи самурая, и осваивает боевые техники, чтобы противостоять врагам, которые теперь командуют целыми армиями. Робин, отделившийся от наставника, становится странствующим ронином, пытаясь найти свой путь в этом жестоком мире.
Кульминацией становится финальная битва в небесах над осажденным замком. Джокер, используя технологии Гродда и древнюю магию, превращается в гигантского демонического монстра, способного уничтожить целые города. Бэтмен, объединив усилия с Робином и перешедшей на его сторону Харли Квинн, понимает, что грубая сила здесь не поможет. Он использует тактику и знание психологии врага, чтобы загнать Джокера в ловушку. Вместо того чтобы убить безумного клоуна, Бэтмен заставляет его потерять контроль над собственной трансформацией, обращая его силу против него самого. Гигантский Джокер распадается, а его сознание оказывается запертым в бесконечном цикле собственных шуток. В финале Бэтмен решает остаться в феодальной Японии, понимая, что его миссия по защите невинных не зависит от времени и места. Он принимает роль теневого защитника этой земли, навсегда изменившись под влиянием самурайского кодекса чести, но сохранив свою главную заповедь — не убивать.
