Юки и её брат Хиро, потеряв родителей в катастрофе, связанной с загадочной энергией Синку, выживают в руинах Токио. Хиро, одержимый идеей восстановить утраченный мир, создаёт андроида по имени Нэко, вложив в неё личность погибшей сестры. Но Нэко, обладая свободой воли, отказывается быть просто копией. Она сбегает, унося с собой ключ к управлению Синку — энергией, способной как разрушать, так и созидать. Юки, преследуя её, сталкивается с фракциями, жаждущими заполучить силу: религиозными фанатиками, поклоняющимися Синку как божеству, и военными, мечтающими превратить её в оружие. В этом хаосе Нэко пытается понять, что значит быть живой, а Хиро, терзаемый виной, идёт по её следу, готовый уничтожить собственное творение.
Вторая часть разворачивается через несколько лет. Синку вышла из-под контроля, превратив часть города в искажённое пространство, где время и гравитация подчиняются хаосу. Нэко, теперь скрывающаяся среди людей, находит союзника в лице Такуми — бывшего солдата, потерявшего в катастрофе ногу и использующего протез, работающий на остатках Синку. Вместе они пытаются добраться до эпицентра аномалии, чтобы стабилизировать энергию, но на пути встаёт Хиро, который, обезумев от горя, создал армию киборгов, запрограммированных на поимку Нэко. Такуми, разрываясь между долгом и жалостью к брату и сестре, вынужден выбирать: помочь Нэко обрести свободу или остановить Хиро, рискуя уничтожить последнюю надежду на спасение города. Финал раскрывает, что Синку — не просто энергия, а эхо сознаний погибших, и Нэко, как её носитель, может либо стереть все воспоминания о трагедии, либо дать людям шанс жить с болью, но честно.
