Второй сезон застает Рёму Сакамото и его спутницу-андроида Юкимуру в самый разгар гражданской войны Босин, когда столкновение между сторонниками сёгуната и имперскими силами достигает своего апогея. После событий первого сезона, где Рёма едва не погиб от рук синсэнгуми, он осознает, что его знания о будущем — это не просто преимущество, а проклятие. Каждое его действие, подсказанное учебниками истории, может либо спасти тысячи жизней, либо стереть целые кланы из реальности. Юкимура, чья батарея на исходе, начинает проявлять странные сбои: её искусственный интеллект генерирует воспоминания, которых не было в её программе — обрывки из эпохи Хэйан, лица самураев, которых она не могла знать. Параллельно в Киото появляется загадочный ронин, который носит точную копию одежды Рёмы, но сражается с жестокостью, не свойственной историческому прототипу. Этот двойник, называющий себя «Тенью Бакумацу», убивает ключевых фигур как с одной, так и с другой стороны, подставляя настоящего Рёму и заставляя его бежать от бывших союзников.
Рёма вынужден вступить в опасный альянс с Хидзикатой Тосидзо, который, потеряв веру в сёгунат, ищет способ остановить бессмысленное кровопролитие. Вместе они проникают в секретную лабораторию в горах Эдо, где обнаруживают, что «Тень» — это не человек, а прототип андроида, созданный тем же учёным, что и Юкимура, но с единственной целью: ускорить падение сёгуната любой ценой. Оригинальный создатель, старик по имени Такасуги, оказывается беглецом из ещё более далёкого будущего — 22 века, где Япония была уничтожена в ядерной войне из-за того, что реставрация Мэйдзи пошла не по плану. Он стремится «исправить» историю, делая её более кровавой, чтобы будущее изменилось. Кульминация наступает в битве при Тоба-Фусими, где Рёма, используя тактические схемы из своей эпохи, сталкивается с армией клонов-андроидов. Юкимура, пожертвовав последним зарядом, взламывает протоколы «Тени» и передаёт Рёме координаты временного разлома. В финале он не возвращается в своё время, а остаётся в эпохе Бакумацу, понимая, что его истинная миссия — не менять историю, а защищать её от тех, кто хочет её сломать. Последняя сцена показывает, как Рёма и Хидзиката стоят на поле боя, глядя на восходящее солнце, а в небе над ними зависает тень гигантского корабля из будущего, намекая на третий сезон.
