Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система Сивилла продолжает управлять Японией, но её контроль становится всё более хрупким. В центре событий — два новых инспектора Бюро общественной безопасности, Армин Шибата и Кей Михаил Игнатов. Армин — бывший профессор криминальной психологии, который потерял жену при загадочных обстоятельствах. Кей — эмигрант из охваченной войной Юго-Восточной Азии, обладающий уникальной способностью не вызывать подозрений у доминанторов, что делает его идеальным агентом для внедрения. Вместе они расследуют серию убийств, которые на первый кажутся случайными, но быстро выявляют связь с тайной организацией «Буревестник». Эта группа, состоящая из бывших беженцев и недовольных системой, использует дронов-убийц и психологическое программирование, чтобы совершать преступления, не оставляя следов. Однако вскоре выясняется, что за «Буревестником» стоят не просто радикалы, а нечто гораздо более опасное — попытка создать альтернативную систему правосудия, которая может бросить вызов самой Сивилле.
По мере расследования Армин и Кей сталкиваются с призраками прошлого. Выясняется, что убийства связаны с экспериментом «Странствующий рыцарь» — проектом по созданию идеальных преступников, чей коэффициент преступности невозможно измерить. Эти люди, называемые «невидимыми», действуют вне рамок системы, и их существование ставит под сомнение саму суть Психопаспорта. Параллельно раскрывается тайна смерти жены Армина — она была убита не случайным преступником, а одним из таких «невидимых», что заставляет инспектора балансировать на грани закона и личной мести. Кей, в свою очередь, вынужден бороться с собственными демонами: его прошлое как солдата и связь с «Буревестником» делают его уязвимым для манипуляций. В финале сезона герои выходят на след главного антагониста — загадочного человека по имени Тора, который оказывается бывшим учёным Сивиллы, создавшим «Странствующего рыцаря». Он предлагает Армину и Кею выбор: присоединиться к его революции или остаться частью системы, которая давно прогнила. Третий сезон заканчивается клиффхэнгером: Тора запускает глобальную атаку на инфраструктуру Сивиллы, а Армин и Кей оказываются в эпицентре хаоса, понимая, что их собственные Психопаспорта больше не являются гарантией безопасности.
