После событий первого сезона Махиро Ясака наконец-то может выдохнуть, ведь с древним божеством Хастуром покончено, а его возлюбленная Няруко-сан, некогда бывшая жутким монстром, теперь живет с ним под одной крышей как обычная, хоть и слегка эксцентричная девушка. Однако идиллия оказывается недолговечной, ибо проклятие, веками преследовавшее Няруко, не исчезло бесследно, а лишь трансформировалось в нечто более масштабное и непредсказуемое. Вместо привычных щупалец и космического ужаса на голову Махиро и его друзей сваливаются новые напасти: от нашествия мелких, но невероятно назойливых божеств, требующих внимания, до появления загадочной организации, охотящейся за остатками силы Хастура. Няруко, пытаясь вести нормальный образ жизни и ходить в школу, то и дело теряет контроль над своей божественной сущностью, что приводит к комичным, а порой и опасным ситуациям, в которых Махиро приходится выступать в роли няньки, телохранителя и главного специалиста по решению проблем с потусторонними силами.
Сюжет второго сезона строится на попытках героев разобраться в природе нового хаоса, который грозит поглотить их город. Махиро сталкивается с дилеммой: как сохранить мирную жизнь, когда твоя девушка периодически превращается в гигантское чудовище, а бывшие враги становятся неожиданными союзниками? На сцену выходят новые персонажи, чьи мотивы туманны, а силы сопоставимы с мощью Няруко, что заставляет Махиро сомневаться в том, кто друг, а кто враг. В попытках защитить Няруко от внешних угроз и её самой, он вынужден вновь окунуться в пучину безумия, где реальность переплетается с галлюцинациями, а школьные будни соседствуют с битвами против аватаров древних богов. Няруко-сан, в свою очередь, пытается доказать, что достойна любви и спокойной жизни, но её прошлое не отпускает, и каждый новый день приносит испытания, требующие не только силы, но и хитрости. Эта история о том, как трудно быть человеком, когда ты божество, и как сложно любить того, кто способен уничтожить мир одним неосторожным движением, но при этом отчаянно хочет просто быть счастливой.
