Тихий приморский городок Идзумо, где волны лижут древние камни, а воздух пропитан солью и йодом, стал для семнадцатилетнего Харуки местом изгнания. После гибели отца — капитана дальнего плавания, пропавшего без вести в районе Бермудского треугольника, — парень замкнулся в себе, возненавидев океан, отнявший у него всё. Переезд к деду, смотрителю старого маяка, лишь усугубляет боль: каждую ночь Харуки видит один и тот же сон — бескрайнюю водную гладь, в центре которой стоит полупрозрачная девушка с глазами цвета морской волны. Она зовет его, но голос тонет в шуме прибоя. Однажды во время шторма Харуки находит на берегу странный амулет — раковину тритона, инкрустированную бирюзой, которая пульсирует в такт его сердцебиению. С этого момента реальность начинает трещать по швам: приливы подчиняются его настроению, а в отражениях луж он видит не свое лицо, а лица утопленников.
В попытке разобраться в происходящем Харуки знакомится с местной легендой о Проклятии Бездны — древнем договоре между людьми и глубинной расой сирен, который был нарушен сто лет назад. Тогда, во время Великого Цунами, город спасли, принеся в жертву семь душ, но океан не простил обмана и теперь требует нового хранителя. Девушка из снов — последняя из сирен по имени Нами, запертая в коралловой тюрьме на дне Марианской впадины. Она передает Харуки часть своей силы, чтобы он смог найти три ключа-жемчужины, разбросанные по затонувшим кораблям разных эпох. Но каждый ключ охраняет порождение человеческих страхов — гигантский кальмар, питающийся воспоминаниями, или косяк светящихся медуз, вызывающих галлюцинации. Параллельно за Харуки охотится тайная организация «Нептун», которая хочет использовать его связь с океаном для управления мировыми течениями. Парню предстоит не только нырнуть в пучину, чтобы спасти Нами, но и примириться с призраком отца, который, как выясняется, не погиб, а стал частью самого океана, превратившись в бессмертного стража границы между мирами. Финал разворачивается в подводном храме, где Харуки должен сделать выбор: разрушить древний договор, навсегда отделив мир людей от мира сирен, или занять место отца, став новым мостом между стихиями, обрекая себя на вечное одиночество в толще вод.
