Тихий и немного застенчивый старшеклассник Сората Кадзама переводится в новую школу, расположенную в старом районе Токио. С первого же дня он чувствует себя чужим среди шумных и уверенных одноклассников, но всё меняется, когда он случайно находит на задворках школьного двора покосившееся деревянное здание с табличкой «Зал Мэйдзи». Внутри вместо пыльных книг и старых парт его встречает девушка в кимоно, которая представляется как Юки. Она утверждает, что этот зал — не просто клубная комната, а портал в эпоху Мэйдзи, и что Сората обладает редким даром «свидетеля» — способностью видеть и взаимодействовать с тенями прошлого. Поначалу он принимает это за розыгрыш или галлюцинацию, но когда Юки втягивает его в первое «погружение», Сората оказывается на пыльной улице Токио конца XIX века, где пахнет углём и цветущей сакурой, а по мостовой грохочут первые трамваи. Оказывается, что Зал Мэйдзи — это своего рода станция между мирами, а его члены, включая загадочного президента клуба Рёскэ и молчаливую библиотекаршу Аканэ, уже давно путешествуют во времени, пытаясь исправить мелкие исторические нестыковки и вернуть утерянные артефакты.
С каждым новым заданием Сората всё глубже погружается в водоворот событий, где грань между прошлым и настоящим становится зыбкой. Он знакомится с молодым писателем, который мечтает изменить литературу, с женщиной-врачом, борющейся за право лечить людей вопреки традициям, и с мастером меча, хранящим секрет исчезнувшего клана. Но чем активнее команда вмешивается в историю, тем сильнее сопротивление — не только со стороны времени, которое пытается «затянуть» раны, но и со стороны таинственного Общества теней, преследующего свои цели в эпохе Мэйдзи. Сората узнаёт, что Юки не просто проводник, а человек, потерявший в прошлом свою семью, и что её истинная миссия куда опаснее, чем кажется. Вскоре выясняется, что Зал Мэйдзи — не единственный портал, и что некоторые путешественники хотят не сохранить историю, а переписать её, уничтожив целые эпохи. Сорате предстоит сделать выбор: остаться сторонним наблюдателем или стать тем, кто защитит хрупкую ткань времени, даже если ради этого придётся пожертвовать возможностью вернуться домой. В финале первого сезона герои сталкиваются с парадоксом: их собственные действия в прошлом создают трещину, которая грозит поглотить и школу, и сам Зал Мэйдзи, и теперь им нужно найти способ не просто исправить ошибку, а примирить две эпохи, не разрушив ни одну из них.
