Второй сезон «Восставшего против неба» начинается с того, что Фан Юань, наконец, закрепился в мире Гу. Он больше не беглец, загнанный в угол, а начинающий стратег, который успешно внедрился в клан Шан. Однако его положение шатко. За ним пристально наблюдает старейшина Шан Синь Цзы, которая чует неладное, но не может предъявить прямых улик. Фан Юаню приходится балансировать на лезвии ножа: с одной стороны, он должен демонстрировать лояльность и медленно наращивать свою базу Гу, с другой — тайно плести интриги, чтобы подорвать влияние клана изнутри. Главный конфликт сезона разворачивается вокруг горы Сан Ча, где обнаружено древнее наследие. Клан Шан, клан Бай и другие силы вступают в жестокую борьбу за контроль над этим местом. Фан Юань, используя свои знания из прошлой жизни, манипулирует событиями так, чтобы стравить врагов между собой, пока сам незаметно продвигается к цели. Он не геройствует в открытую — его оружие это хитрость, терпение и готовность пожертвовать любым союзником. В этом сезоне раскрывается природа его циничного мировоззрения: он не просто жаждет силы, он стремится к абсолютной свободе от оков морали и судьбы, которые сковывают всех остальных.
Параллельно с этим сюжет углубляется в прошлое мира Гу. Фан Юань сталкивается с фрагментами памяти о Войне Нефритового Неба и понимает, что нынешняя иерархия бессмертных — это лишь верхушка айсберга, скрывающая куда более древние и ужасающие тайны. Его главный антагонист в этом сезоне — не просто сильный враг, а система, построенная на лицемерии и эксплуатации слабых. В финальных эпизодах Фан Юань совершает поступок, который окончательно срывает маску добродетели с клана Шан: он провоцирует массовую резню на горе Сан Ча, используя в качестве жертв как врагов, так и собственных «союзников». Это не акт злодейства ради злодейства, а холодный расчет — он уничтожает сразу несколько сильных фракций, ослабляя их настолько, что они больше не могут ему угрожать. В результате он получает доступ к древнему Гу, способному влиять на саму судьбу, но плата за это — полная изоляция. К концу сезона Фан Юань остается один против всего мира, но его глаза горят не страхом, а предвкушением. Он доказал, что даже в системе, где каждый шаг предопределен небесами, можно проложить свой путь, если отказаться от всего человеческого. Второй сезон заканчивается на мрачной ноте: небеса, почувствовав угрозу, начинают посылать против него первые настоящие кары, и зритель понимает, что настоящая война только начинается.